Le coût définitif du projet est tributaire de plusieurs facteurs, y compris du volume de combustible nucléaire irradié devant être géré.
D’après les dernières estimations, à la fin de l’exploitation prévue des réacteurs nucléaires actuels au Canada, le nombre de grappes de combustible irradié pourrait s’élever à environ 5,5 millions. Le coût du projet est estimé à 26 milliards $ (en dollars de 2020).
La SGDN met à jour son estimation du coût du projet au moins tous les cinq ans.